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Mwambusta IV renvoie son fils Charles N'Diyeze (âgé de 19 ans) à Bujumbura où il est nommé Régent, chargé de préparer le retour de Mwambusta IV. Une fois arrivé au Burundi, le Prince comprend que la situation est plus que tendue. La purge a accentué les antagonismes ethniques. Il démet le précédent gouvernement et s'assurant le soutien du Capitaine Micombero (nommé Premier Ministre), le Princes Charles annonce que l'armée est désormais garante de l'unité du pays, le Mwami Mwambusta est déposé et qu'il assurera le pouvoir sous le nom de Ntare V (8 Juillet 1966).
Le Mwami Mwambusta IV est surpris par cette annonce. Il envoie immédiatement un message au Prince " Vous avez été abusé par quelques politiciens intrigants et extrémistes pour tromper votre jeunesse et profiter de votre inexpérience. Cet acte constitue un geste de rébellion ouverte contre mon autorité. Je refuse de souscrire à une usurpation de pouvoirs tendant à une politique extrémiste quelques jours avant mon arrivée. Je vous donne ordre de libérer les prisonniers victimes d'arrestations arbitraires au service de l'ambition et de la politique génocide d'un petit groupe dangereux que vous m'avez signalé et dont vous êtes le jouet. Vous êtes invité également à dissoudre la J.N.R. qui crée une situation d'insécurité dans le Pays. Je vous promets le pardon et l'oubli si vous avez la loyauté de diffuser la présente instruction. " (Remarques Africaines n° 403)

Le message ne sera jamais diffusé et le souverain devra s'exiler vers la Suisse, condamné à suivre les soubresauts de son pays depuis sa villa de Genève.
Le nouveau Mwami, une fois installé sur le trône de son père, s'aperçoit que son Premier Ministre est bien encombrant. Déjà sous Mwambusta, lorsqu'il était invité à la cour, c'est avec un petit détachement qu'il faisait son entrée avant de faire milles courbettes au souverain. Son penchant pour l'alcoolisme est connu de tous. Ntare V est agacé de constater que Micombero outrepasse ses prérogatives. Les rapports entre le militaire et le Mwami se dégradent. Le 17 septembre 1966, un remaniement ministériel accentue le désaccord entre le roi et le premier ministre. Les membres du nouveau gouvernement ont été imposés par la JNR, véritable bras armé de Micombero. Afin de diminuer les pouvoirs du gouvernement, Ntare V tente de créer des secrétariats d'Etat dépendant uniquement de lui mais Michel Micombero s'y oppose fermement. Le souverain peu satisfait du choix du Ministre des Affaires Etrangères (Dr Pie Masumbuko) tente de le révoquer et utilise la radio d'état. A peine limogé, le Ministre est réintégré par voie radiophonique sur ordre de Micombero avant de faire installer du fil barbelé aux alentours du bâtiment de la radio. Des parachutistes prirent même leurs quartiers à l'intérieur du bâtiment afin d'empêcher le souverain de refaire d'autres déclarations. Le 7 Novembre, Ntare tente de limoger le gouvernement en pénétrant dans la radio mais les parachutistes l'empêcheront d'aller jusqu'au bureau d'enregistrement (sources Burundi Périodique N°3 - Mai 1992 -)
Le 28 Novembre 1966, Micombero fait déployer les chars dans la capitale et proclame l'état d'urgence. Ntare V (en visite à Kinshasa) demande des explications à son Premier Ministre. Pour toute réponse, il apprend qu'il a été déposé et la monarchie abolie. Ntare a juste le temps de prendre un avion pour Munich avant la prise de son palais.
Pour les Hutus, rien ne change avec le coup d'état. Micombero est un Tutsi- Hima et il n'entend pas partager le pouvoir non plus. D'ailleurs, L'UPRONA dans sa majorité s'est rallié à la République. Il reste pourtant encore des partisans de la monarchie. Tout n'est pas joué et le Mwami sait que ce coup d'état est encore peu populaire et de facto s'attend à être rappelé. Deux jours auparavant ce putsch, le Roi et son Premier Ministre dînaient ensemble et même nageaient dans la piscine du Palais. Micombero, qui il y'a cinq mois encore lors de l'intronisation du jeune Mwami, avait pourtant donné des gages de sa fidélité au royaume.

Le temps passe et depuis son exil belge Charles Ndizeye Ntare V désespère de revenir au Burundi. Micombero s'emploie à fortifier son régime. En Septembre 1969, une tentative de coup d'état pro Hutu échoue. La répression par les Jeunesses (devenues) Révolutionnaires Rwagasore est féroce. Les Hutus commencent à regretter le monarque exilé qui faisait preuve de plus de clémences à leur égard. Et peu d'espoir que la République Hutu du Rwanda intervienne au Burundi.

Le Mwami décide d'organiser la résistance armée avec ses partisans, reçoit à plusieurs reprises le Ministre des Affaires Etrangères du Burundi à Bruxelles. Il débarque le 18 Mars 1972 à Kampala par un vol depuis Bruxelles via Nairobi. Il est reçu avec les honneurs dus à son titre par le Président Ougandais Idi Amin Dada qui le loge au Kampala International Hotel. Avec lui, des leaders royalistes comme Emmanuel Biha ( fils du Premier Ministre Tutsi Léopold Biha) ou Matthias Hitimana, des membres de sa famille comme le Prince André Ndagijimana (cousin de Rwagasore). Tous espèrent que le Président Ougandais va supporter militairement le mouvement royaliste qui a bien du mal à accumuler les victoires faces aux troupes gouvernementales. D'ailleurs tout porte à le croire. Idi Amin Dada est prévenant avec le Roi et sa suite mais joue double jeu. Prévenu du retour du Mwami aux frontières Burundi, Micombero a dépêché auprès du Président ougandais des membres de ses services secrets et son chef de la diplomatie, le 21 Mars.
Curieusement lors du dîner avec le Roi, Idi Amin Dada se met jouer faussement les médiateurs et propose une collaboration étroite entre le Roi et son ex Premier Ministre afin de mettre au fin au conflit naissant. En parallèle, le Ministre des Affaires Etrangères du Burundi Athememon Simbananiye négocie avec Idi Amin pour que celui-ci lui donne le Roi, qui sans le savoir est désormais un prisonnier sans nom. En échange de la reconnaissance du nouveau pouvoir par l'Ouganda, Micombero envoyait quelques valises d'argent à l'attention du bienveillant Idi.

Idi Amin demande le 29 Mars au Prince Ndagijimana de faire les valises du Roi et de les mener au DC3 qui fait vol vers Entebbe, nouveau lieu de repos du Roi. Le Prince sera emmené par une voiture militaire, on ne le reverra jamais. Il sera exécuté 24 heures après par les services secrets ougandais ( ?).
Le Président Ougandais annonce donc au Mwami qu'il est transféré vers un lieu plus proche du Burundi, afin qu'il puisse visiter sa mère. Ntare refuse. Un temps calme, Amin Dada finit par lui intimer l'ordre à lui et Biha de monter dans l'hélicoptère qu'il a affecté au souverain pour cette visite. De mauvaise grâce, le Mwami monte. Mais l'hélicoptère après 3 heures de vol atterrit sur l'aéroport de Bujumbura à la grande surprise du Roy. En quelques secondes, il a compris. Trahisons, complots ont eu raison des rêves de restauration du Mwami.

Le 28 Avril 1972, le conseil des ministres n'arrive pas à se mettre d'accord sur le sort à réserver au souverain. Micombero limogera son gouvernement. Le lendemain, la radio officielle du Burundi annonce que le Roi en tentant de fuir de son lieu de détention pour rejoindre ses partisans massés aux abords du Palais Royal a été abattu. Un communiqué repris par tous les journaux du pays et des Grands Lacs. En fait la vérité est tout autre.


Il est 22 heures 45 lorsqu'un commando armé fait irruption dans les dépendances du Palais de l'ancien Mwami Mwambusta IV à Bwoga. Il a été placé ici depuis 30 jours pour plaire aux instances internationales afin d'éviter aussi une intervention de l'Organisation des Nations Unies.
Le Lieutenant Nyabenda Charles qui dirige l'unité militaire, aidé de membres des milices Jeunesses Révolutionnaires Rwagasore, réveille le souverain endormi dans une chambre de 3m sur 2 et lui intime l'ordre de le suivre immédiatement. Ntare V demande la raison de ce déménagement impromptu mais (menaçant) le Lieutenant pour seule réponse, le pousse hors du palais et le fait ligoter sous le drapeau national.. Toujours interrogatif, Ntare demande à ses geôliers si le Président Micombero va le recevoir !? Mais les réponses restent évasives, narquoises.

Le jeune Mwami hurle de terreur lorsqu'il s'aperçoit qu'un peloton d'exécution l'a escorté et implore la clémence de ses bourreaux. Un seul claquement de doigt et ce sont 3 baïonnettes qui traversent son corps. Le Roi s'effondre mais ne meurt pas ; il agonise durant 20 minutes avant d'être achevé au pistolet. Le Capitaine Onésime Ntabiraho qui a tiré les derniers coups de feu, lui tire encore 3 balles de révolver en forme d'étoiles sur le front du souverain assassiné ; son grade en forme de signature. Il est 23 heures 15. La monarchie a cessé de vivre au Burundi (Sources : Radio Publique Africaine)

Quelques combats ont bien éclaté à la frontière zaïro- Burundi mais, là aussi les informations sont difficiles à vérifier On parla vaguement d'attaques d'insurgés congolais Mulelistes, de partisans du Roi…


Le Prince François Habarugira Kikoro (descendant du Mwami Mwezi IV) sera également assassiné au cours de cette nuit tragique.