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Dans les années soixante, les mouvements de libération du Sahara vont se créer. Contre toutes attentes, les sahraouis ne souhaitent pas rejoindre le Royaume du Maroc qui considère le Sahara comme partie intégrante du pays. Le Frente de Liberacíon del Sahara bajo Dominacíon Española (Front de Libération du Sahara sous domination espagnole), est fondé en 1966 mais sa courte vie de mouvement indépendantiste ne le fera pas entrer dans l’histoire. Mohammed Bassiri fonde un an plus tard, le mouvement de libération du Seguia el-Hamra et Oued ed-Dahab qui va préfigurer le mouvement indépendantiste phare du Sahara, le POLISARIO (Front populaire de Libération de la Saguia el Hamra et du Rio de Oro, crée le 10 Mai 1973).
Mohammed Bassiri conduit une manifestation le 17 Juin 1970 vers le palais du gouverneur du gouverneur espagnol mais celui-ci donne ordre de tirer sur la foule. 11 morts, des centaines d’arrestations dont Mohammed Bassiri dont on entendra plus jamais parler une fois qu’il aura passer les portes de la prison (il avait 26 ans).

A ces mouvements indépendantistes, le Roi du Maroc Hassan II mettra en avant le Front de libération et de l'unité (FLU) crée en 1974 ou le Mouvement révolutionnaire des hommes bleus (MOREHOB devenu le Mouvement de résistance des hommes bleus). Le Sahara devient l’objet de luttes coloniales. En 1975, les espagnols tentent de créer un Parti de l’Union Nationale Sahraouie mais loin de se laisser manipuler par les espagnols (qui souhaite l’établissement d’un référendum d’auto-détermination), il ralliera le Maroc. Le Sultan dépose plainte contre l’Espagne auprès de la Cour de Justice Internationale qui, le 16 Octobre 1975, accède à la demande de référendum des … espagnols. Hassan II lance alors sa marche verte entre le 6 et 9 Novembre 1975. 350 000 marocains marcheront pacifiquement dans la colonie espagnole.
Alors que le dictateur espagnol, le Généralissime Franco agonise, le gouvernement espagnol accepte de rendre le Sahara à la seule condition qu’elle puisse continuer à exploiter les gisements de phosphate présents dans le Sahara. La colonie est divisée en deux, conjointement au Maroc et à la Mauritanie qui revendiquait aussi cette partie de l’Afrique du Nord tout comme l’Algérie.. exclue des négociations et qui va se tourner vers le POLISARIO.

Ce dernier va attendre le départ des troupes espagnoles en Janvier 1976, appuyé par l’Algérie et d’autres pays de l’Organisation de L’Unité Africaine, pour proclamer l’indépendance du Sahara le 27 Février 1976 (El-Ouali Moustapha Sayed, élu Premier Président de la République arabe sahraouie démocratique/ RASD et tué le 9 juin 1976 lors d'un raid sur Nouakchott).

Une guerre va alors s’engager avec d’un côté les indépendantistes du Polisario et de l’autre les armées mauritaniennes et marocaines. Mais en s’attaquant à deux de ses anciennes colonies avec qui elle reste un partenaire privilégié, c’est aussi la France qui entre dans ce conflit. Les prises d’otage des français en Mauritanie en Mai et Octobre 1977 forcent la France à déclencher une opération militaire contre le POLISARIO (opération Lamentin) et le 17 Décembre, les indépendantistes doivent quitter le territoire Mauritanien alors qu’ils étaient prêt de s’emparer de la capitale Nouakchott. Un cessez le feu signé en Juillet 1978 entre le POLISARIO et la Mauritanie sera concrétisé un an plus tard (coup d’état militaire) par l’abandon de toutes revendications sur le Sahara de la part de la Mauritanie.

Sur le front marocain, le roi Hassan II est loin d’avoir ce même genre d’accord en tête. Mais au cours de l’année 1980 et malgré l’intervention de mirages français, il apparaît clairement que l’avantage est aux forces indépendantistes sahraouis. Malgré la construction du « Mur marocain », qui stoppe l’avancée des sahraouis, c’est environ 75 pays, principalement africains, qui ont reconnus la RASD. Enfin en 1984, l’OUA reconnaît une nouvelle fois le principe d’autodétermination des sahraouis.

En Janvier 1989, Hassan II déclare publiquement qu’il ne cédera aucune partie du Sahara. Les négociations entamées depuis deux ans entre les deux camps sont brisées et la guerre reprend dès le début des années 90. Lassés, ce sont 25 pays qui vont renoncer à supporter le projet d’autodétermination des sahraouis et les propositions américaines pour régler le conflit échoueront les unes après les autres comme le Plan Baker de 2003 devant l’intransigeance marocaine.

Le conflit est aujourd’hui larvé et peu de chances que les Sahraouis obtiennent une indépendance dont on ne sait plus guère s’il l’a désire encore réellement. Le 28 Novembre 2010, le peu de tensions entre les deux camps qui avaient jusque là jugulées, éclatent lors du violent démantèlement du camp de protestation Sahraoui (6000 réfugiés) de Gdim Izik près de la ville de Laâyoune, par les forces marocaines (3000 soldats). Il y’aura une dizaine de morts et 70 blessés lors de cette intervention.

Mohamed Abdelaziz, (né en 1947), est l’actuel Président (en exil) de la République Sahraoui depuis Octobre 1982 et a été réélu à ce poste plusieurs fois de suite (2011). Lahbib Ayoub , principal commandant des forces sahraouis entre 1974 et 1980, a fait allégeance au Roi Mohammed VI en 2002.