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Profitant toujours des luttes intestines entre Prince de la maison royale, les Mamelouks regagnent progressivement le contrôle du pays au XVIIIème siècle. En 1763, leur chef Ali Bey s'empare du pouvoir, se proclame Sultan et détache le pays de la Turquie. C'est un affront que les Ottomans vont gérer depuis Istanbul. Le gendre d'Ali Bey va bientôt chasser le Sultan autoproclamé puis lui succéder avec la protection bienveillante des janissaires turques. Le régime des Mamelouks vit sans le savoir ses dernières heures.

La prise de la forteresse de la Bastille le 14 Juillet 1789 en France n'affecte pas particulièrement le régime Mamelouk d'Egypte. D'ailleurs la nouvelle ne leur parviendra que quelques semaines plus tard. Le Vizir en place est soumis aux ordres de la Sublime Porte et de facto voit en l'Occident du XIXeme siècle, les descendants hérétiques des croisés d'avant. Pourtant les événements en France qui vont se succéder sur près de 10 ans vont précipiter le pays dans les réalités de la révolution Française.
Dès 1795, l'Egypte enflamme les cerveaux des dirigeants du Directoire Français. La perte des Antilles au profit de l'ennemi anglais a affaibli l'économie de la République Française déjà bien exsangue des guerres civiles et autres coalitions formées contre elle depuis la chute de la monarchie en 1792. Pour palier à la perte des exportations de la canne à sucre et du coton, le Directoire envisage de s'emparer de l'Egypte. De plus, la prise de ce pays permettrait aux français de couper la route navale des anglais. Enfin, il s'agit aussi de punir ce vizirat d'avoir outragés les commerçant français à St Jean d'Acre et à Smyrne.
Le 1er Mars 1798, l'expédition est décidée avec à sa tête le Général Napoléon Bonaparte (il a été nommé par le Directoire car jugé trop populaire en France). Derrière, lui une multitude de scientifiques et archéologues chargés de recenser la flore, faune et autre sites historiques en Egypte. Devant, plus de 35000 soldats pour conquérir cet espace nouveau auquel finalement peu sont préparés à affronter.

Le débarquement de troupes étrangères en terre Egyptienne (prise d'Alexandrie le 2 Juillet) après deux mois de mer est un choc pour le vizirat. La charge des Mamelouks (21 Juillet) n'arrête cependant pas le génie militaire de Bonaparte. Battus et en fuite, leur chef Mourad Bey (1750-1801) réorganise ses troupes mais le régime des Mamelouks est finalement abrogé par le Général Bonaparte. Ce dernier connaît l'histoire de l'Egypte et se refuse à commettre les mêmes erreurs que les croisés. Il se proclame le protecteur de la religion musulmane et songe même à se convertir, peut être aussi pense t-il rétablir le sultanat à son profit (il prendra même un mamelouk à son service, Roustam Raza). Il réorganise l'Egypte en seize provinces, nomme un copte à l'intendance des impôts, crée l'institut d'Egypte … Bonaparte pose donc les jalons du futur état Egyptien.


La guerre n'est pas pour autant terminée tant à l'intérieur du pays qu'à l'extérieur. Trop occupé à réorganiser le pays, Bonaparte laisse le Directoire prendre les décisions en matière de conflit naval. Le désastre d'Aboukir (2 Août 1798) est durement ressenti parmi les soldats de l'armée française. 1700 morts français contre 218 du côté anglais accentuent les reproches contre le Directoire et ses dirigeants qui tout en maintenant les principes de la Révolution Française ont peu à peu restauré les privilèges de l'ancienne noblesse. L'antiquité est alors à la mode en France.
Les anglais décrètent un blocus du pays. La marine britannique encercle les côtes anglaises. Sur le terrain, l'armée du Général Bonaparte a fort à faire. Harcelés par les Mamelouks de Mourad Bey, les troupes françaises accumulent pourtant les victoires et .. les massacres ( Jaffa le 6 Mars 1799 où 7000 turcs seront exécutés). Fort de sa popularité, le Général Bonaparte parvient à s'enfuir le 23 Août 1799 du sol Egyptien et rentre en France pour accomplir le destin national qui fera bientôt de lui un Empereur de France, le maître de l'Europe.

De l'Egypte où il avait démontré ses talents de militaire et d'administrateur, il écrira : " il m'est difficile de quitter une terre plus fertile et un peuple plus abruti ".

Il laisse le commandement de l'armée au Général Kléber. A Héliopolis le 20 Mars 1803, il remporte une victoire décisive qui rétablit l'autorité française dans tout le pays. Mourad Bey rend les armes, négocie et en retour reçoit de Kléber le gouvernorat de la Haute- Egypte avec titre de Prince Saïd. Le 14 Juin 1800 alors qu'il se promène au Caire, le Général Kléber est assassiné par un janissaire turc. A Kléber succède le Général Ménou (1750-1810). Converti à la religion musulmane en 1799, ayant épousé une égyptienne, le Général Ménou entend favorises les Egyptiens au profit de la noblesse turcophone. Le 4 Mars 1801, les anglais décident de mettre fin à l'occupation française en Egypte et débarque à Aboukir. Bonaparte a réussi son coup d'état et la guerre a repris avec la perfide Albion. Le 2 Septembre, le Général Ménou doit capituler et avec ses troupes rentrent en France. La guerre aura coûté 1/3 de pertes humaines sur les 35000 embarqués avec Bonaparte dont 57% uniquement morts de la peste ou autres maladies. Une partie des Mamelouks ont rallié Bonaparte et formeront un escadron dans son armée. On les retrouvera en Belgique, en Espagne et même dans la glorieuse charge d'Austerlitz. A la chute de l'Empire Napoléonien, les Mamelouks fidèles de l'Empereur seront victimes de massacres notamment dans la ville de Marseille, victime des royalistes français.


L'administration anglaise s'installe dans les bureaux des Français et décident de laisser le champ libre aux turques. Mais les Mamelouks Egyptiens ne l'entendent pas de cette oreille. Un certain nationalisme est né durant l'occupation française et les turques sont désormais considérées comme des usurpateurs. Le 11 Mars 1803, jour du rembarquement des troupes anglaises, un contingent de troupes albanaises prend fait et cause pour les Mamelouks et chassent le Vice Pacha Khosrew, installé depuis le 9 Août 1801 au poste de Vice- Roi d'Egypte (wali: ????). Ses successeurs désignés n'auront guère plus de chances. Tahar Pacha sera assassiné après un mois et demi de règne le 27 Mai 1803 (il avait refusé de payer les troupes turques), Ahmed Pacha sera arrêté par les Mamelouks, Ali Pacha El Djezaïry qui débarque le 8 Juillet pour prendre ses fonctions est à son tour assassiné à Alexandrie et Osman Bey El Bardiri ne gouvernera que virtuellement le pays. Les Mamelouks exercent une forte pression sur les fonctionnaires partisans de l'Empire Ottoman. Les Oulémas décident de soulever la population contre l'autorité Mamelouk en 1804. C'est la guerre civile entre la Haute et Basse Egypte. Dans les affrontements émerge l'autorité militaire de Mehemet Ali Pacha.

Cet Albanais né en 1769, fils d'un marchand de tabac, est à la tête d'un régiment de Mamelouks fidèles à la Sublime Porte. Il rétablit en Février 1805 le Pacha Khosrew mais Istanbul le destitue très rapidement et le remplace par Kourid Pacha. Ulcéré par cette destitution, Mehemet Ali doute de la sincérité des turcs envers la population Egyptienne.
Les Oulémas ne sont pas insensibles à son pouvoir. A peine nommé Pacha de Djeddah, il se fait proclamé Vice-Roi par les Oulémas le 12 Mai 1805. Un mois plus tard, l'Empire Ottoman n'a pas d'autres choix que valider ce coup d'état et reconnaître Mehemet Ali Pacha au poste de Vice- Roi d'Egypte.