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La région du Rwenzururu a toujours été le lieu d'habitation des tribus Bakonjo et Baamba longtemps indépendantes de tous pouvoirs des royaumes environnants. Le 26 Juin 1900, arbitrairement ces deux tribus sont rattachées au Royaume du Toro sur décision britannique qui souhaitait ainsi affaiblir le Royaume du Bunyoro dont le sentiment anti- anglais se faisait trop sentir ces derniers temps.

Loin de résister, au Rwenzururu se développe néanmoins un certain sentiment nationaliste et indépendantiste. En 1950, une délégation se présente officiellement devant le Kabaka d'Ouganda et réclame à celui-ci qu'il accepte la création d'un district sous leur nom. Avec les tensions qui parcourent tout le pays à la veille de l'indépendance, le Rwenzururu se déclare indépendant le 30 Juin 1962 puis un an plus tard, jour pour jour, s'autoproclame Royaume avec comme souverain, le nationaliste Isaya Mukirania. Le gouvernement central intervient rapidement mais mettra une année supplémentaire pour mettre fin à cette sécession (massacre durant 14 Jours des Bakonjo qui poussera le Vice- Président John Babiha à déclarer que cette ethnie a cessé d'exister et de faire de leur territoire une réserve pour animaux).

Pourtant Isaya Mukirania réussit à se faire couronner traditionnellement le 30 Juin 1965. Il ne pourra guère profiter de son règne puisqu'il meurt le 2 Septembre 1966. Son fils Charles Mutembere Kibanzanga II (mineur) lui succède sous l'administration d'un conseil de régence, connu des autorités gouvernementales qui au final décide de ne pas intervenir. D'ailleurs en 1967, Milton Obote abolit toutes les monarchies de l'Ouganda et le Rwenzururu avec.

Lors du coup d'état d'Idi Amin Dada, celui -ci agrée à la création d'un district autonome (5 Mai 1971) et mais n'autorise pas le couronnement de Charles Mutembere (1972). Le souverain se réfugie avec ses partisans dans les montagnes et harcèlent sporadiquement les armées du Maréchal.

Lors de la chute du Président Idi Amin Dada (1979), le Rwenzururu revient sur le devant de la scène en servant de base arrière au Forces Armées Tanzaniennes et en récupérant au passage leurs armes abandonnées dans les combats. Jusqu'en 1982, le Rwenzururu redevient une région en état de guerre avec des séparatistes qui réclament leur indépendance. Enfin, le gouvernement de Milton Obote se décide à négocier avec les sécessionnistes (15 Mars) en autorisant l'autonomie de la région, des fonctionnaires exclusivement issus des deux ethnies. Les hostilités cessent sauf avec un petit groupe appelé " l'Armée Nationale pour la Libération de l'Ouganda " (NALU) que dirige un certain Amon Bazira (né en 1944). Celui-ci reçoit un certain soutien financier du Kenya et du Zaïre mais les seules victoires que son mouvement armé ne lui permettront pas de tenir longtemps. Il s'enfuit rapidement au Kenya où un matin de 1993, il sera mystérieusement assassiné. Les rebelles du NALU seront récupérés par le Soudan (1995) et adjoint aux Forces Démocrates Alliées, mouvement monarchiste armé qui lutte pour la restauration et l'indépendance du Royaume du Bouganda. Composé exclusivement de musulmans puritains et dirigé par Jamil Mukulu, le F.D.A a été quasiment défait et ne fait que peu parler de lui depuis 2004.





Afin d'éviter de nouveau toute rébellions armées et devant une forte volonté des ethnies Bakonjo et Baamba, le Président Yoweri Museveni accepte de restaurer le 17 Mars 2008, le Royaume du Rwenzururu et de faire couronner son souverain (Omusinga) légitime Charles Mutembere. Depuis 1988, le souverain, rallié à Museveni, est contesté par le conseil des anciens qui refuse de le reconnaître. Son couronnement ne met pas pour autant fin à la polémique. Deux autres prétendants (Ibrahim Makoma et Robert Tibamwenda) ont réclamé leurs droits à la couronne (Mars 2008) accusant le souverain d'être le jouet de la Rrépublique d'Ouganda.
Le 2 Septembre 2009, la République Fédérale a officiellement reconnu les statuts du Royaume et Charles Mutembere comme seul souverain.