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Le Soudan a connu une nouvelle guerre civile entre le Sud et le Nord de 1983 à 2005. A l'origine de ce nouveau conflit, la volonté du Président et Général Gafar Nimeiri (1930- 2009) de transformer le pays en un seul état musulman et d'imposer la Sharia dans les Etats du Sud et du Nord. Ayant participé au un coup d'état qui met fin au gouvernement du Président Ismaël Al Azhari (élu en 1964), il prend la tête de la junte. Ce coup d'état avait pourtant mis fin aux affrontements avec les rebelles sudistes du Colonel Joseph Lagu (né en 1931) en signant les accords d'Addis Abeba le 26 Juin 1972. La guerre civile avait fait de part et d'autres 500 000 morts depuis l'indépendance.

Gafar Nimeiri est victime le 5 Septembre 1975 d'un putsch du Lieutenant- Colonel Hussein Osman. Obligé de s'enfuir, il est rétabli quelques heures plus tard par un contre coup d'état du Général Elbagir. Hussein Osman sera exécuté rapidement. Le 2 Juillet 1976, Sadik El Mahdi (Premier Ministre de 1966 à 1967) tente avec un millier de partisans de renverser Nimeiri. Les combats feront rages durant 3 jours dans la capitale. Et une nouvelle fois, Nimeiri sera sauvé par les loyalistes de l'infanterie et de la cavalerie. Le Président (et Premier Ministre) ouvre la voie de la réconciliation à l'opposition. D'abord en 1977 avec El Mahdi puis en le 2 Juillet 1982 en nommant au poste de Vice Président, Joseph Lagu. Mais trop proche des Frères Musulmans, il déclare l'état d'urgence le 26 Avril 1983 afin d'imposer la Sharia. Envoyé comme médiateur dans le sud, le Colonel John Garang (né en 1945, ethnie Dinka) prend fait et cause pour les Chrétiens, se mutinent avec 300 de ses 500 soldats. Le Mouvement pour la Libération du peuple Soudanais (SPLAM) est né.

Le 5 Avril 1985, le Ministre de la Défense et Général Abdel Rahman Souwar Al Dahab (né en 1930) prend le pouvoir. Il rendra le pouvoir au Premier Ministre Sadik El Mahdi le 6 Mai 1986 (Ahmed El Mirghani (1941- 2008) sera élu Président). Malgré un gouvernement de réconciliation nationale (dont le SPLAM refuse d'y participer), le Premier Ministre El Mhadi sera incapable d'endiguer la guerre civile. Enfin en 1988, Garang et Sadik El Mahdi acceptent de signer la déclaration de Koka Dam. Celle-ci stipule que la sharia sera définitivement abolie. L'armée apprécie peu d'autant plus que les émeutes sur l'augmentation des prix n'ont de cesse de se multiplier à travers le pays. Le 30 Juin 1989, le Général Omar El Beshir (né en 1944) s'empare du pouvoir et fait arrêter El Mahdi (il sera relâché le 10 Janvier 1990).

Le Général- Président a rallié aux premières heures de son putsch, les islamistes Mahdistes d'Hassan Al Tourabi (né en 1932 et beau frère de Sadik El Mahdi). Brièvement arrêté et exilé de 1967 à 1977, il devient Ministre de la Justice en 1979. Président du Parlement durant les années 90, il est arrêté en 1999 pour tentative de complot (relâché en 2003 puis de nouveau emprisonné de 2004 à 2005, un conflit sur l'islam opposant Tourabi et Beshir).



Dans la République autoproclamée du Sud, John Garang est menacé au sein se formation rebelle Un officier du mouvement armé du SLPAM le SPLA) Lam Akol Ajawin (né en 1950) et ingénieur en pharmacie ayant rejoint le mouvement en 1986 commence à critiquer l'omniprésence des Dinka au sein du SPLAM et les trop grands liens visibles de Garang avec l'Ethiopie communiste. Le 28 Août 1991, la ville de Nasir tenue par une faction séditieuse dirigée par Riek Machar Teny (né en 1952) annonce la destitution de Garang de son poste. Mais loin de rallier l'ensemble du SPLA, Riek Machar vient de faire naître un deuxième front dans la guerre civile (en 1997, il dépose les armes et devient en 2002 Vice Président du Gouvernement Autonome du Sud. Lam Akol fut Ministre des Affaires Etrangères de 2005 2007). Peu de temps après (Septembre 1992) un autre groupe conduit par le Commandant William Bany se rebelle également mais sans la même portée que la rébellion de Lam Akol et Riek Machar. D'ailleurs, Banny sera mystérieusement assassiné en 1996.

Le 9 Janvier 2005, un accord est signé entre le Sud de Garang et le Nord de Beshir à Nairobi, au Kenya, mettant fin à la guerre civile entre le Nord et le Sud et qui aura coûté des centaines de milliers de morts. Il prévoit que John Garang accède au poste de Vice Président du Soudan, un référendum sur l'indépendance du Sud en 2011, et le Président d'un Sud Soudan autonome. Garang ne profitera guère longtemps de ce succès. Le 30 Juillet 2005, il meurt dans un accident d'hélicoptère. Il a été succédé par Salva Kiir Mayardit (né en 1951) au poste de Président du Sud Soudan.

Le Soudan connaît à l'heure d'aujourd'hui une guerre civile au Darfour et avec le Tchad voisin débutée le 2 Février 2003. Le Front de Libération du Darfour lutte pour l'indépendance (ou du moins plus d'autonomie) pour cet ancien Sultanat aboli par l'Egypte en 1875 et qui économiquement regorge de pétrole. Le conflit qui s'est internationalisé a déjà fait 400 000 morts, des centaines de villages brûlés et autant de personnes en fuite.

Du 11 au 15 Avril 2010 ont eu lieu des élections pluralistes dans le pays boycottées par une partie de l'opposition. Beshir a été réélu avec 68% des voix contre le candidat du SPLM Yasser Asman (né en 1961, marié à une fille du Sultan Deng Mjok ). En parallèle, le Sud Soudan organisait également des élections et Salva Kiir a été réélu également avec 93% des fois face au leader du Sudan People's Liberation Movement for Democratic Change, Lam Akol (7%) qui a déposé récemment les armes.

Un référendum sur l'indépendance du Sud Soudan a été organisé en Janvier 2011 conformément aux accords de 2005. 98% des Sud- Soudanais ont voté pour l'indépendance du Sud Soudan. Le gouvernement nordiste s'est engagé à respecter les résultats du vote. La proclamation de l'Etat du Sud Soudan est prévue en Mai 2011.