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Le 1er Mai 1972 profitant de la confusion qui règne dans le pays, le rebelle Hutu Antoine Serukwavu proclamait dans les collines Vuzigo, la République de Martyzo. Il faudra 8 jours aux forces gouvernementales pour mettre fin à la sécession. La aussi, la répression qui s'en suivit fit des centaines milliers de morts, des ministres Hutus exécutés froidement (Joseph Baragengana, Ministre de l'Information; Jean-Chrysostome Bandyambona, Ministre des Affaires Sociales; Marc Ndayiziga, Ministre des Travaux Publics et des Transports; Pascal Bubiriza, Ministre des Télécommunications….)

Le 15 Juillet 1972 en remerciement de ses actes de collaboration, Albin Nyamoya était nommé Premier Ministre de la nouvelle République (jusqu'au 5 Juin 1973). Micombero va deux ans après ce meurtre introduire une nouvelle constitution qui fait automatiquement du leader de l'UPRONA , le chef de l'état. Hors c'est son cas. La République est définitivement installée. Il est même un ambassadeur américain pour suggérer la création d'un Hutuland et Tutisland. Il est vrai que Micombero avait fait croire que les Hutus étaient manipulés par les communistes, guerre froide oblige.

Exilée, la famille royale n'a plus que l'espoir et le temps pour se rappeler à son peuple. Car si les villes demeurent acquises au principe républicain il n'en est pas de même dans les campagnes plus favorables au monarque. Sur le plan ethnique, il en va de même. Les élites Tutsis ont accepté la République ce qui n'est pas forcément le cas des Hutus à qui on a enlevé le peu de privilèges obtenus sous la monarchie. L'armée est à 90 % Tutsi et il y'a très peu d'officiers Hutus.
Et c'est encore un Tutsi qui le 1er Novembre 1976 renverse le Lieutenant -Général Micombero. Assistant avec le Colonel Jean Baptiste Bagaza, son cousin né en 1946, à un match de football, ce dernier annonce à Micombero le plus simplement du monde qu'un avion l'attend sur le tarmac de l'aéroport de Bujumbura et qu'il a été renversé. Officiellement, le coup d'état est justifié par Bagaza par " la période de stagnation que traverse le pays ".
Le régime se durcit, une nouvelle constitution est mise en place (1981), L'UPRONA ne tolère pas d'opposition encore moins celle des royalistes qui opèrent depuis l'étranger. Mwambusta IV est mort en 1977 laissant le trône vacant et peu de chances à la restauration. Sa succession va faire l'objet des convoitises entre le clan Kamatari et celui de la Princesse Rose Iribagiza (âgée en 1988 de 54 ans, épouse successive de l'ex Premier Ministre Muhirwa ,de Ngendenduwe puis d'un belge flamand).

Michel Micombero décédera en 1983. Le Burundi ne manifestera aucun regret à l'annonce de son décès.

La République se radicalise. Bagaza expulse entre 1986 et 1987 tous les religieux de son pays. L'UPRONA craint des purges au sein de son parti par le clan présidentiel. Le 3 Septembre 1987, Bujumbura est de nouveau victime d'un putsch militaire. Le Major Pierre Buyoya, de deux ans son cadet, arrête Bagaza et s'installe à sa place. L'ordre Tutsi règne dans le pays d'autant plus que Buyoya s'arroge un mois plus tard tous les titres présidentiels.

Il n'est toujours pas question de partager le pouvoir avec les Hutus et les plus extrémistes du parti unique exècrent la République Rwandaise voisine. Une nouvelle fois, des massacres à grande échelle sont planifiés. Du moins, c'est ce que la rumeur prétend à travers tout le pays. Craignant de se faire évincer par des paysans Tutsis, leurs homologues hutus les attaquent violemment. Les morts vont se compter par dizaines ; l'armée va réagir promptement. Le bilan va dépasser les ordres gouvernementaux. Les tensions retenues de part et d'autres vont tristement s'exprimer entre le 15 et 25 Août 1988. 5000 à 20000 personnes en majorité d'ethnie Hutu seront massacrées.
La famille royale mobilise ses partisans et réclame une enquête internationale. Le Burundi va s'y opposer. Afin de contenter l'Europe dont le Burundi dépend au niveau d l'aide économique, Buyoya accepte de nommer un hutu à la primature (Adrien Sibomana). Douze ministres Hutus compléteront ce nouveau gouvernement formé en Octobre. Buyoya va suivre avec intérêt les mouvements militaires des rebelles rwandais du Front Patriotique Rwandais, tous Tutsis.

Sous pression européenne, il accepte de mauvaise grâce le multipartisme en 1991.
L'UPRONA jusque là seul parti au pouvoir va devoir partager la scène politique burundaise avec un parti Hutu multiethnique le FROnt DEmocratique Burundais (FRODEBU) que dirige Melchior N'Dadaye (né en 1953) et le modeste Parti monarchiste de Réconciliation du Peuple (PRP) de Mathias Hitimana, un ancien intime du Roy Ntare V. Le PArti de LIbération du PEuple HUTU (PALIPEHUTU) de Kabura Cossane quant à lui lutte ouvertement pour la prise de pouvoir par les Hutus comme son nom l'indique. Le 20 Avril 1991 ne déclarait-il pas : "Levons-nous tous ensemble pour combattre tous ces Hutu, traîtres des leurs (banyamuryababo), les dénoncer partout pour que tout Hutu les connaisse afin que personne ne soit plus induit en erreur par ces gens. Ecrivons leur nom et diffusons-les partout pour qu'ils soient rejetés dans tout le pays et dans le monde entier, pour que leurs parents sachent qu'ils ont mis au monde des êtres sans moralité qui ne les rendront aucun service si ce n'est que trahir leur ethnie. Combattons-les à temps avant que d'autres personnes ne soient atteintes par ce mal".

Buyoya se méfie de la résurgence monarchique dans le pays mais encore plus de ce FRODEBU. Certes ce parti n'appelle pas à la restauration de la monarchie mais c'est l'UPRONA à travers lui qui s'inquiète de la libéralisation du régime et de la possible perte de l'héritage qu'il incarne, celui du Prince Rwagasore dont le parti fleurit la tombe tous les ans à grands renforts médiatiques.

D'ailleurs, certains militaires ont tenté un coup d'état le 4 Mars 1992 afin d'empêcher le référendum qui validait le multipartisme. L'élection présidentielle organisée en Juin 1993 va confirmer cette peur. Melchior N'Dadaye est élu Président avec 65% des voix d'un pays qui entendait en finir avec l'hégémonie militaire. Buyoya doit se retirer (44% des voix) mais les militaires n'entendent pas laisser un gouvernement Hutu diriger le pays. Le mouvement monarchiste et son candidat Hutu (Pierre-Claver Sendegeya) devront se contenter de 1.44% des voix. Un faible score mais prometteur pour son retour sur la scène politique du pays ; les Mwamis n'avaient pas été oubliés. La démocratie était en marche. Il faudra attendre cependant la promulgation de la nouvelle constitution en 2001 pour que le PRP soit reconnu comme parti d'opposition.

Pourtant, quarante- huit heures après son investiture, N'Dadaye est victime d'une tentative de putsch le 3 Juin. Les étudiants Tutsis ont investis Bujumbura et commencent à tuer tous ce qui ressemble à des Hutus. Pour sauver son fauteuil, N'Dadaye annonce la tenue immédiate d'élections législatives qui confirment le résultat de la présidentielle, soit 65 sièges au FRODEBU et 13 à l'UPRONA . Le 3 Juillet, N'Dadaye est de nouveau victime d'une autre tentative de coup d'état. En visite à Bruxelles quatre jours après, il dénonce les coupables. Le major Busokoa, le Lieutenant-Colonel Ningaba ( ex-directeur de cabinet de Buyoya ) ou encore le député François Ngeze ( choisit pour remplacer N'Dadaye) sont concernés par cette dénonciation. Le Président a frappé fort, trop fort.

Le 20 Octobre, des bruits de canons éclatent dans la capitale Burundi. Les militaires ont investi de nouveau les rues de la ville. Le Président fait protéger le Palais assiégé. Le 21 Octobre, à 7 heures du matin, le Palais est pris d'assaut par l'armée. Arrêté, le couple présidentiel est emmené au Camp de Muka. Une heure après le Colonel Bikumungu signe l'ordre d'exécution. N'Dadaye sera pendu et son corps transpercé par de baïonnettes. Un comité de 13 officiers est mis en place pour contrer un soulèvement Hutu qui a suivi le putsch. La répression sera féroce (environ 100 000 morts) et les luttes au sein de l'UPRONA pour le fauteuil présidentiel ont repris. Bagaza réclame le pouvoir tandis qu'au sein du FRODEBU, c'est Jean Minani qui réclame la succession de N'Dadaye.

L'Assemblée élit Cyprien Ntaryamira (né en 1955, brièvement emprisonné en 1985), un Hutu cacique de l'UPRONA à la Présidence après l'assassinat de son prédécesseur Pontien Karibwami. On lui adjoint le Tutsi Anatole Kayenkiko à la primature. Chaque camp crée sa milice avec les Sans Défaite et les Sans Echec pour les Hutus et pour les Tutsis les Génération Démocratique du Burundi (GEDEBU) ou les Forces de la Défense pour la Démocratie. Rémi Gahhutu, fondateur du Palipehutu dans les années 80, fait des propositions devant "sauver les Bahutu": "a) les hutu doivent être conscients des maux dont ils souffrent (...) b) l'unité des Hutu (....) c) Fondation d'un parti de lutte (...) d) la nécessité d'avoir des dirigeants dynamiques et potentiels (...) e) l'enjeu de la revendication des hutu (réside) dans la recherche des moyens de se défendre contre les constantes attaques et provocations des Tutsi (...) f) les hutu doivent éviter les querelles idéologiques".
L'attitude du Rwanda lors du coup d'état est très équivoque. N'Dadaye n'a jamais eu l'intention de se comporter comme un vassal du Président Habyarimana. Et de le lui faire savoir diplomatiquement. Provoquant la colère du Président Rwandais en recevant en 1993, le chef rebelle Kagame, il est assez curieux de noter que le Chef des Renseignements Rwandais se trouvait à Bujumbura, assistant depuis sa chambre d'hôtel au coup d'état qui mènera la chute du Président Burundais….
Quant au parti monarchiste, ses membres sont poursuivis comme le furent ceux en 1972. La suite des événements est tristement connue. Le sommet d'Arusha, la mort dans l'avion ce 6 Avril 1994 du Président Ntaryamira, les violences qui éclatèrent (200 000 morts) et finalement l'accord pour le partage du pouvoir entre Hutus et Tutsis. Mais l'élection de Sylvestre Ntibantunganya, éminent membre de 38 ans du FRODEBU n'a pas fait taire les armes. Jean-Baptiste Bagaza , l'ex-Président et leader du parti d'extrême- droite PARENA réclame le perchoir de la Présidence. Les tensions s'accroissent.