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Et les Portugais dans tout cela ? Les guerres civiles font leur jeu. Le marché de l’esclavage ne s’est jamais aussi bien porté avec la confusion qui sévit au sein de l’Empire. En 1839, les portugais doivent pourtant se résoudre à abandonner cette pratique sous l’influence des anglais. Le prix de la guerre de libération contre l’Empereur de France coûtait cher au royaume du Portugal. Le commerce de l’ivoire, du caoutchouc remplaça celui de l’esclavage qui prit véritablement fin officiellement en 1851.
L’Empire Kongo aux prémices de la colonisation était au bord du gouffre. Chaque clan de la maison royale revendiquait désormais le trône Kongo. André II se vit contester par un rival de sa propre branche qui se faisait appeler Alvaro XIII et ignorait superbement son pouvoir. Il en sera ainsi de même pour les successeurs d’André II, André III (1825-1842) et Henri III (1842-1857), son cousin. Un autre du nom de Pierre VI Lelo s’autoproclama également Mani kongo à Bembe en 1855. Il revendiquait son appartenance à la lignée Kinlaza. S’alliant aux portugais, il défait rapidement le 7 Août 1859 Alvaro XIII qui ne renonce pas pour autant à son trône et se réfugie à Nkunga, pas très loin de San Salvador. Le prix du couronnement de Pierre VI fut lourd pour le prétendant. Il avait été contraint de signer un accord de vassalité au Portugal (1857) et accepter l’installation d’une garnison portugaise au sein de San Salvador. Le Portugal venait de jeter les bases de sa colonisation officielle du pays. Tout au long de son règne, Pierre VI fut contesté dans son autorité. Entre 1870 à sa mort 1880, celui qui fut son rival le plus direct s’autoproclama Mani Kongo sous le nom de Garcia VI Mbwaka Matu.
La course à la colonisation de l’Afrique battait son plein. Fort de sa puissance maritime et militaire, les portugais n’avaient que faire des Manikongos dont l’Empire souffrait de n’avoir plus de réelles frontières. Ceux qui vont se succéder sur le trône ne sont plus que l’ombre d’eux-mêmes. Les nombreuses guerres de succession ont affaibli l’Empire et l’armée Kongo ne peut faire face aux portugais. Ainsi vont successivement régner Alvaro XIV (1891-1896), Henri III ou IV (1896-1901), Pierre VI (1901-1910), Manuel (1910-1911) et enfin Manuel III. Ce dernier va tenter de restaurer la dignité de l’Empire et chasser les Portugais. L’Empire défunt est divisé. Il y’a les indépendantistes peu nombreux et les Kongos résignés face à une colonisation achevée de l’Empire. Agacé par les conspirations successives du Manikongo, les Républicains portugais (au pouvoir depuis 1910) le font arrêter et décide l’abolition du royaume. Le règne des Manikongos s’achève peu glorieusement. Désormais seul le gouverneur portugais aura autorité. L’Empire sera démembré entre plusieurs colonies, le souverain autorisé à demeurer en Angola et n’aura plus qu’un rôle traditionnel.
Manuel III meurt en 1915. Son successeur Alvaro XV puis en 1923 Pierre VII Alphonse ne tentent pas de remettre l’autorité coloniale en cause même si les années vingt sont le signe d’une résurgence du nationalisme Kongo où chaque leader se pare du titre de roi pour en affirmer sa continuité. Ils demeurent les sujets du Portugal. Le 17 Avril 1955, Pierre VII reçoit une délégation du gouvernorat portugais. Dédaignant totalement le souverain, la délégation lui indique que ses derniers pouvoirs lui sont retirés, la colonie devenant une province à part entière du Portugal. La république ne serait donc se satisfaire de la présence d’un souverain au sein de la République de l‘Etat Nouveau.