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Askia Mohamed voit grand et surtout souhaite annexer ce Mali en proie à son tour à la désorganisation politique. D'ailleurs, il ne va pas tarder à lui imposer un tribut tout comme aux Peul (1494, le Massina est totalement conquis) où au Berbère. Il réorganise l'Empire qu'il divise en 4 vice- royautés, crée un gouvernement comparable à ceux d'aujourd'hui, accepte les esclaves dans son arme et malgré une suspicion viscérale à leur égard, va laisser les juifs s'installer dans l'Empire afin qu'il fasse prospérer le commerce. Recevant un inhabituel soutien des Oulémas, il transfère la capitale de Gao à Tombouctou. Le Songhaï devient un empire comparable à celui de Soundiata Keïta au Mali. L'Empire s'étendra du Sénégal au Maroc dont il s'empare d'Agadir en 1515.
Recevant le titre de calife par le Soudan (1497), il fait de l'éducation une priorité et se paye le luxe de ramener après un pèlerinage de nombreux lettrés musulmans. Comme Sonni Ali Ber, Mohamed Touré est un véritable génie militaire. Les Mossis voient bientôt déferler dans leur royaume les guerriers de l'Empereur qui mène ici un véritable djihad contre ces animistes. Même les Haoussas subissent les assauts de ses guerriers. Il faut attendre 1516 pour que l'Empire cesse toutes velléités expansionnistes.

Askia Mohamed est vieux. Il est devenu aveugle. En 1528, il quitte en toute quiétude son palais pour aller inspecter ses troupes. Un de ses (200 ?) enfants, Moussa profite de ce départ pour se soulever et déposer son père. Askia Mohamed meurt peu après âgé de 85 ans laissant un successeur peu à même de gérer un Empire d'1,4 millions de Km2. Car si Askia Monzo Moussa fait assassiner quelques membres de sa famille afin de sauvegarder son pouvoir, sur le plan militaire il en va autrement. Des rébellions éclatent et en 1531 son cousin Mohamed II le renverse et le fait exécuter. Le nouvel Askia s'appuie sur les classes paysannes et s'aliènent vite les classes bourgeoises. Une série de défaites militaires va fragiliser le pouvoir de Mohamed II qui en 1537 est victime à son tour d'un complot familial qui met sur le trône Ismaël. Son règne de 2 ans ne fut pas plus tranquille que ses prédécesseurs. Une sécheresse mit à mal l'économie du pays et c'est dans un contexte difficile que son frère Isaac Ier lui succède. C'est un militaire et les gouverneurs locaux qui refusent de soumettre feront les frais de sa politique guerrière. Le Maroc envahit les salines de Teghazza . Isaac les repousse au-delà des frontières, pille le sud du Maroc et force la fuite du Sultan de Marrakech (1544).

De 1549 à 1582, Askia Daoud Ier (frère d'Isaac) monte sur le trône d'un empire qui connaît une nouvelle période de stabilité. Quelques guerres dont celles contre les Mossis n'entameront en rien l'idéal impérial de puissance que propage le Songhaï. L'agriculture est remise au goût du jour et l'Askia sait comme ménager son voisin marocain. Pourtant à son décès, ses frères se déchirent la succession. Son fils Mohammed III qui lui succède a bien du mal à contenir les rébellions de ses frères. Les Marocains y voient là le moyen de se venger du pillage de 1544. Les salines de Teghazza sont finalement reprises à la dynastie des Askia en 1586, son frère Mohammed IV Bano qui lui succède ne guère plus de succès. Ses frères Mohammed Sadek et Isaac lui contestent le droit de régner. C'est en partant les combattre que Mohammed IV meurt subitement en 1538. Isaac II s'empare du trône vacant mais le Songhaï n'a plus les moyens de sa puissance. Le Maroc envoie en Octobre 1590 une armée de 4000 mercenaires espagnols (appelés Roumats par les habitants de Tombouctou car armés de fusils ce qui n'était pas le cas de l'armée de l'Askia) annexer cet empire défunt. La bataille de Tondibi en Mars 1591 sonne le glas de l'Empire. Et malgré que l'Askia ait allégrement aligné plus de 40 000 hommes en face des auxiliaires et soldats marocains, il dut se résoudre à fuir. Tombouctou (prise le 25 Avril 1591, elle eut des Pachas désignés jusqu'en 1612), Djenné et Gao tomberont à leur tour. Isaac II a été assassiné. Son frère Mohammed V n'aura guère le temps de régner puisqu'il est déposé par les marocains.