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L'Empire retrouve sa stabilité mais ces incessantes guerres civiles et de conquêtes ont coûté son économie au pays. D'ailleurs Maghan III meurt subitement après un an de règne. On sait peu de choses sur les règnes de ses successeurs. Deux frères (Moussa III et Ouli II) qui vont se partager le pouvoir, régner tour à tour et se battre avec succès contre les peuls. Et ce sont justement ces succès militaires qui vont permettre à ces deux nobles d'un obscur lignage de régner sur l'Empire (1400 à 1481). Mahmoud II (ou Mamadou 1481- 1496) qui arrive au pouvoir se prétend un descendant de Maghan III quand ce n'est pas celui de Mahmoud Ier. Une légitimité dont il peine à convaincre alors que l'Empire perd peu à peu ses plus riches possessions sous les invasions multiples des envahisseurs du Songhaï, Peuls ou Mossis.. L'Empereur tente de conclure une alliance avec ces portugais avec qui il commerce mais en 1495, c'est un échec. Mahmoud III qui lui succède n'a plus qu'un Empire dont la taille a été considérablement réduite. Son armée à du mal à faire face aux attaques incessantes de son voisin du Songhaï. En 1545, la capitale Niani est prise par l'Askia du Songhaï et Mahmoud III doit s'enfuir dans les montagnes afin d'échapper à l'assassinat ou l'emprisonnement.

Désormais, l'Empereur du Mali ne règne plus que sur le Nord de son pays, à Kangaba où il établit sa capitale. En 1559, Mahmoud IV lui succède alors que les attaques du Songhaï redoublent. Profitant d'une invasion marocaine sur le Songhaï, Mahmoud IV attaque la ville du Djenne avec ses alliés Foulanis (1599). Le Maroc réagit très rapidement et force la retraite du souverain vers son royaume du Nord. Le souverain n'est plus que l'ombre de lui-même. A sa mort en 1610, l'Empire de Soundiata Keïta a vécu définitivement (il était de 1 100 000 Km2 en 1380 à moins de 300 000 Km2 à la mort de Mahmoud IV).

Ses trois fils n'assumeront pas ou peu le pouvoir d'un empire défunt qui tombe entre les mains de gouverneurs qui se réclament héritier de Soundiata Keïta. En 1667, Niani la capitale impériale tombait entre les mains des Bamamas de Djenné.

La légende des Empereurs du Mali allait perdurer désormais par les seuls chants des griots.